„Siedlung des Dudo“ – so könnte der Ortsname Düdinghausen übersetzt werden. Die Endung „-hausen“ weist auf eine Gründungszeit des Ortes um 800 n. Chr. hin.
Aus Dudo soll sich später der Name Dietrich entwickelt haben. Zum Rufnamen kommt die in Schaumburg und Westfalen verbreitete „ing-Form“, was so-viel wie: „zum Dudo“ gehörig meint. Erstmals urkundlich erwähnt ist Düdinghausen als „Didingohuson“ im Jahr 1055.
Der westlich des Ortskerns gelegene Höhenzug trägt den Namen des Ortes. Noch heute sind im Düdinghäuser Wald viele Spuren intensiver Nutzung zu erkennen; Überreste des Bergbaues am „Griesenberg“ (Düdinghäuser Stollen) und aufgelassene Sandsteinbrüche finden sich im Wald. Bedeutung hatte der Wald auch als Gerichtsstätte, „Sieben Buchen“ genannt. Um die Jahrtausendwende standen noch drei der alten Bäume. Vermutet wird, dass bereits Femengerichte auf dem Berg tagten, wahrscheinlich ist, dass sich auf dem Düdinghäuser Berg seit dem zweiten Drittel des 16. Jahrhunderts von der Burg Sachsenhagen ausgehend, die Gerichtsstätte des Amtes Sachsenhagen befand.
Ein Galgen ist auf einer alten Karte eingezeichnet, der Flurname Galgenfeld am südlichen Fuß des Berges hat sich bis heute gehalten.
1647 wird Düdinghausen bei der Teilung der Grafschaft Schaumburg dem hessischen Teil zugeschlagen.
Landwirtschaft, Bergbau und Steinbrüche – sowie später auch die Ziegelei Himmelreich in Wiedenbrügge haben den Einwohnern Arbeit gegeben. Ein Problem bildeten die schlechten Verbindungen des Ortes: Noch 1963 war die Straße nach Auhagen ein umgebauter Schotterweg und der Weg zum Amt nach Rinteln bedeute eine beschwerliche Tagesreise.
Die Gebietsreform von 1974 und Landkreisreform von 1977 lässt aus Düdinghausen und Auhagen eine Gemeinde werden. 2016/17 fusionieren auch die Feuerwehren.