Der 1607 erbaute Stadtkeller blieb vom verheerenden Brand verschont, der 1619 nahezu den gesamten Flecken in Schutt und Asche gelegt hatte. Weil die vorhandende Kirche in Flammen aufgegangen war, mussten die Sachsenhäger auf Druck der Obrigkeit ihren Stadtkeller umbauen.
Anzunehmen ist, dass kirchliche Nutzung und die sich entwickelnde Verwaltung im Flecken im gleichen Gebäude nebeneinanderher existierten, ob allerdings die Bürgerkirche noch Raum zum Bierbrauen bot, lässt sich nicht mehr feststellen.
Wie entwickelte sich das Rathaus weiter? Wurde im Ratskeller nach dem Auszug der Kirche (spätestens 1690) nicht nur Rat gehalten, sondern auch wieder ausschließlich Bier gebraut? 1703 und 1706 bestätigt der hessische Landgraf das Brauprivileg im Ratskeller. Weil die neue Kirche keinen Turm besaß, bekam das eigentlich als Stadtkeller gedachte Haus 1712 einen Fachwerkgiebel mit Turmaufsatz für ein Geläut, 1788 einen hölzernen Turmreiter. 1909 wird es saniert, 1929 eine neue Uhrenanlage im Dachreiter eingebaut. Der seitliche Laubengang ist in den 1970er Jahren in das Rathaus eingeschlagen worden.
„Aus dem Saufhaus ist ein Bethaus geworden“ – mit diesen drastischen Worten beschrieb Magister Nothold im 17. Jahrhundert das, was man auch als ‚Aus der Not eine Tugend machen‘ bezeichnen könnte: Weil ihr Gotteshaus abgebrannt war, richteten die Sachsenhäger kurzerhand eine neue Kirche ein, dort, wo eigentlich Bier getrunken werden sollte: Im (Brau-)Keller und späteren Rathaus. Es entstand für rund 60 Jahre eine Bürgerkirche. Diese wurde von Lindhorster Pastoren betreut, die parallel in der Schlosskapelle predigten.
Vom Vorwerk am Schloss ausgehend brannte die Stadt, berichtet Antonius Nothold, genau in dem Moment, als Gottesdienst in der Kirche in Bergkirchen gehalten wurde: „Als nun alle Männer aus dem Flecken heraus gewesen sind, ist das Feuer während der Predigt aufgegangen, und ehe jemand hat wieder herunterkommen können, ist das Feuer überall gewesen, und so hat Gott ihr Sünden heimgesucht“, schreibt der Pastor.
Seine Darstellung lässt auch die Vermutung zu, es habe sich um Brandstiftung gehandelt: Weil im neu gebauten Braukeller „viel Bosheit getrieben mit Hauen, Stechen, Totschlagen, Fluchen, Lästern und Schänden sowohl am Sonntag während der Predigt als auch sonst zu anderen Zeiten“, habe als Reaktion der Amtmann Lorenz auf Geheiß des Fürsten Ernst dem Bürgermeister ein Verbot zugehen lassen müssen.
Dass nun daraufhin genau am nächsten Sonntag, als der Bürgermeister allen Männern vor dem Keller die Leviten gelesen haben und sie gemeinsam zum Gottesdienst nach Bergkirchen geführt haben soll, ein Feuer im herrschaftlichen Bezirk ausbricht, in dem auch der Amtmann Dienst tut, mag, muss nicht unbedingt Zufall gewesen sein.
Kirchlich gehörte Sachsenhagen zur Gemeinde Bergkirchen, der Schlossbezirk nach Lindhorst. Die Einwohner nutzten die Gelegenheit, eine eigene Bürger- oder Stadtkirche entstehen zu lassen. Nicht ganz ungewöhnlich zu dieser Zeit.
Bürgermeister Clawes Essmann stiftete 1625 die Kanzel für die Bürgerkirche:
DIESEN DECKEL HAT DER ERBAR WOLWEISER UND FÜRNEHMER HERR BÜRGERMEISTER CLAWES ESSMANN IN DIESE KIRCHN MACHN LASSN ANNO MDCXXV.

Auch das Kirchengestühl für die höheren Stände (Priechen) war eingebaut. Pastor Nothold hielt sowohl in der Schlosskapelle als auch in der Bürgerkirche am Markt Gottesdienste.
Ebenfalls nicht überliefert ist, in welcher Regelmäßigkeit die Kirche in der Ortsmitte genutzt wurde. Anton Notholds Leichenpredigt auf Sophiae-Magaretae Schlüter, der Tochter des Sachsenhäger Amtmannes, vom 20. Juli 1633 aus der Sachsenhäger Bürgerkirche ist erhalten geblieben. Trotz einer geräumigen Schlosskapelle fand der Trauergottesdienst in der Kirche am Markt Platz.

Die Erlaubnis zum Bau einer neuen Kirche war in den Stadtrechten von 1650 eingeschlossen, es dauerte bis 1671, bis Gottesdienst dort gehalten werden konnte.
Ob Bänke und weiteres Mobiliar aus Schloss- und Bürgerkirche in die neue Kirche übernommen werden konnten, muss offen bleiben. Die Kanzel aus der Bürgerkirche gaben die Sachsenhäger um 1690 herum nach Großenheidorn ab, wo sie bis heute in der Thomas-Kirche genutzt wird. Der 1635 von Johannes Könemann für die Bürgerkirche gestiftete und von Hans Varlemann hergestellte Leuchter ziert die Kanzel der Elisabeth-Kirche. Nach zeitgenössischen Berichten waren einige kirchliche Einbauten, insbesondere die Priechen verbunden worden, deshalb gab es unterschiedliche Fußbodenhöhen, dies war Erdgeschoss des Rathauses bis zum Anfang des 20. Jahrhunderts noch zu erkennen.

Seit 1720 diente das 1652 erbaute Haus oft als Wohnhaus für die Pächter des Stadtkellers im Rathaus. 1752 bis 1770 besaß es Arthur Conrad Ernsting, der seine Apotheke dort betreiben wollte. 1784 wurde das Haus zur Gastwirtschaft umgebaut, später provisorisch als Apotheke genutzt. Das Haus wurde nach Brand 1848 neu aufgebaut, als Gastwirtschaft und Hotel betrieben. 1988 grundsaniert und als Bürgerhaus in Betrieb.
Die Tradition des Koertages (kören = platt: miteinander reden) endete in Sachsenhagen im Jahr 1854. Wirte und Brauer mussten bis dahin an einem Tag im Jahr für die Bürgerschaft (Frei-)Bier liefern. Nach dem Wörterbuch von Jakob und Wilhelm Grimm regelten viele Gemeinden an Koertagen (sächs.+ schwäbisch = Kehrtage) die gemeinsamen Angelegenheiten. Das konnte die Jahresabrechnung, oder Wahlen oder auch andere Aussprachen sein.
Als Kellerwirte und Schnapsbrenner und Weinhändler mussten sich die ersten Sachsenhäger Apotheker durchschlagen. Das war Hermann Thomas Ernsting klar, als er 1705 mit landesherrlicher Erlaubnis in Sachsenhagen eine Apotheke eröffnete.
Auch sein Sohn Ernst Gerhard Daniel Ernsting übernahm die Kellerpacht und den Branntweinschank und belieferte das Rathaus mit Siegelwachs, Tinte und Lichten. Nach dessen Tod (1751) versuchte der Bruder Dr. Arthur Conrad Ernsting vergeblich die Genehmigung für die Apotheke zu bekommen.
Er scheiterte mehrfach vor Gericht an der Witwe seines Bruders, die die Konzession behielt. In den folgenden Jahren wechselten Apotheker und Standorte sich auch mit Phasen der Schließung ab.
Die geringe Einwohnerzahl Sachsenhagens, die Randlage der Stadt und auch die Nähe anderer Apotheken im Umkreis machte Dr. Roswitha Sommer in ihrer „Geschichte der Apotheke“ für die wirtschaftlichen Schwierigkeiten verantwortlich, die mit einigen Standortwechseln verbunden war. Die Lage verbesserte sich erst, als sich in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts ein Arzt in Sachsenhagen ansiedelte.
1878 verlegte der Pharmazeut Carl Friedrich August Reinhold Mühlhause – Postagent im Nebengeschäft – die Apotheke in das Haus Nr. 31 am Markt (im Bild rechts neben dem Rathaus) in dem sie sich rund 140 Jahre befand.
Nach knapp 308 Jahren wechselvoller Geschichte schloss der Günter Goepfert im Sommer 2017 die Apotheke.
Die frühere Gastwirtschaft Reinecke („zur Post“), rechts neben der Apotheke, brannte 1926 ab und wurde als „Hotel zur Post“ wieder aufgebaut.
Der Buchbinder Heinrich Leimbach, dessen Vater Wilhelm schon in der Gastwirtschaft Reinecke einen kleinen Laden betrieben hatte, kaufte 1934 das Haus und machte aus der Gaststube den Laden und aus Tanzsaal und Kegelbahn die Werkstatt. Seine Frau Anneliese führte als Buchbindermeisterin den Traditionsbetrieb bis 2003 fort.